Η Π.Ε.Ε.Δ. διοικείται από 9μελές Διοικητικό Συμβούλιο το οποίο εκλέγεται κάθε τρία χρόνια από την Γενική Συνέλευση των μελών της.

Το Διοικητικό Συμβούλιο χαράσσει τις κατευθυντήριες γραμμές και ορίζει τη διαμόρφωση της πολιτικής που πρέπει να ακολουθείται για την πραγματοποίηση των σκοπών του Συνδέσμου και την αντιμετώπιση των προβλημάτων των επιχειρήσεων – μελών του. Έχει ως καθήκοντα και αρμοδιότητες να εκτελεί τις αποφάσεις της Γενικής Συνέλευσης, να επιλαμβάνεται και να αποφασίζει για κάθε ζήτημα που αφορά την Ένωση. Επίσης συγκροτεί επιτροπές, συμβουλευτικές ομάδες και ομάδες εργασίας οι οποίες ορίζονται για να ερευνούν ειδικά θέματα.

Η πλήρης σύνθεση του νέου Διοικητικού Συμβουλίου της ΠΕΕΔ για την τριετία 2024 – 2027 έχει ως εξής: